あかやという響きは素敵だと思います。確かにあだ名でちゃん付けするとあかちゃんにはなりそうですが、暁(あかつき)、茜斗(あかと)、明志(あかし)のような名前は男の子を連想しそうですし、ちゃん付けすればあかちゃんになるので、あかやだけに限った話ではないのかな？？とも思いました。
気になるのであれば「◯◯あか」のように「あか」を後ろにした名前でもいいかもしれません、！(少し古風になりそうなのでイメージと違うかもしれませんが)