百は、名乗り読みでナリやドウなど他の読み方をさせてあげらる漢字なのですが、認知度がなく難読になってしまうので名付けに使われるのであれば、モモ読みが良さそうですよね。

モモセ、の響きは私も好きです。
末永く、健やかな成長を願って百生かな。
ストレートな願いで良いかと思います。

ただ、男の子でモモは甘い響きである事と
お兄ちゃんが千で、弟は数が少ない百⋯
というのが、気になりました。
百は千と同じく多い、豊か、おめでたい意味で使われる漢字かと思いますが⋯それならば、同じ千で揃えてあげるか

もし千以外の漢数字で縛る必要があるのなら

例えば、お兄ちゃんは千(大きい、数多の、たくさん)
弟は、一(一番、はじまり、唯一)
で、それぞれ素晴らしい！
みたいな感じでもいいんじゃないかなと思いました。

もしくは、お兄ちゃんが例えば千紘くんや千明くんなら
弟は、真紘や明斗、みたいに揃えても良さそうかと思いました。