名付けの由来はとっても素敵だと思いますし、女の子っぽい名前も個人的にはアリです。
が、ご主人は「性別を間違われたらかわいそう」と言う思いがあるのでしょうね。それも親心としてわかります。

「葉」が女の子っぽさを出してるので、似たような生き生きしたイメージのある「樹」を使って、元樹（げんき、もとき）君なんてどうでしょう？