姪っ子さんなら、ご自身の兄弟、姉妹の子供ということですよね。
兄弟姉妹なら、そのまま聞いてみれば本音を言ってくれそうな気がしますが…
本音を言い合える間柄じゃないんですかね？

相手の気持ちも大事ですが、そもそもご自身が気になるならやめた方がいいような気がします

せめて漢字か字数を変えてみたらどうでしょう？

姪っ子 → 由美（ゆみ）
付けたい名前 → 結以（ゆい）

姪っ子 → 由美（ゆみ）
付けたい名前 → 由奈（ゆうな）

とかなら大丈夫な感じがします