みかさちゃんかわいいと思いますよ。
私も進撃の巨人を思い浮かべましたが、ヒロイン的立ち位置の良いキャラだと思うのでネガティブな印象はまったくないです。
キラキラネームとも思わないですね。

ただ、ふたごでもう一人がさやかちゃんだと、確かに響きが似ている印象になりますね。
でも最初の一音が違う響きですし、愛称も似なさそうなので気にしなくてもいいんじゃないかなと思います。

漢字はもスタイリッシュでかっこいいですし、響きの雰囲気にも合ってると思いますよ。

未花沙、未香沙、未夏沙、と書いてみると、未加沙ちゃんが一番まとまりがあるように見えました。

ほかには、実加沙、美加沙もありかなと思いますが、少し可愛らしすぎる感じになりますね。

漢字はご自身でしっくりくる漢字が正解だと思います。