菜乃芽ちゃん…！初めて聞きました。可愛らしいお名前です。自然っぽいイメージですね。被らない名前が良いとのことで、菜乃実ちゃんも含め、良いと思いました。

双子ちゃんということで関連しているのは良いと思うのですが、ややこしくなる可能性もあるかな、と思います。でも、真琴、美琴ちゃんなんているし、気にならなければ良いと思いますよ。

候補の名前はどれも可愛いです。菜乃芽、菜乃実、みたいなイメージにしたいのなら、春香ちゃん、桜ちゃんが良いのかなと思います。

菜乃芽、菜乃実ちゃんから、
菜乃（なの）
芽実（めみ）　ちゃんなんかも可愛いと思いました。

あとは、菜乃恵（なのえ）ちゃんとかですかね。