火へんが名前に良くないというのは初めて聞きましたが「灯」という漢字は灯は暗闇を照らす光＝希望というイメージがあるので、良い印象しかないです。
灯里（あかり）ちゃんとか、名前でも見かけますよね。

ともせ君という響きも、とてもおしゃれで素敵だと思います。
ただ、私も「ともよ」と読んでしまいました。
男の子だとわかってたら「ともせ」と読むかもしれないですね。
難読と言うほどではないのでそんなに気にしなくても良いと思います。

一応、「せ」と読む漢字は、瀬、星、聖、汐などもありますよ。
灯は旧字の燈も素敵だと思います。

↑漢字を変えた方が良いという意味ではないです。
灯世（ともせ）くん、良いと思いますよ！