漢字は音読み訓読みの他に、名のり訓といって、名前だけに使える読み方がありますが、辞書にも載っているので当て字ではないですよ。

読める読めないは個人差があると思いますが、虹（こ）は、名のり訓としてそこまで知られてなさそうですね。
でも音読みがコウなので、虹（こ）はわりと読みやすいと思います。

虹来（ここ）と一回では読んでもらえないかもしれませんが、「ここ」という読み方に違和感はないですよ。
とてもかわいい名前だと思いました！