なぎという名前は近年人気ベスト10内に入るお名前なので、【・なぎという名前が大人になった時に変】というのはお爺さんお婆さんの意見なので大丈夫だと思います。
最近は男の子であんまり四文字のお名前を見かけないように、名前も時代によって変化していますし、なぎくん素敵だと思います。
漢字も、確かに葵はぎとは読まないかもしれませんが、そうはならんやろ！ってほど難読でもなく、きと読めるのでなぎかな〜と割とすぐ想像できます。
ただ、5月からの法改正で戸籍に名前の読みが必要とのことなので、役所で受付してもらえるのかは自治体による？んですかね（すみませんあんまり詳しくなくて……多分大丈夫だとは思いますが）
凪葵くん、穏やかで綺麗な海と葵の爽やかさを想像させるとても素敵なお名前だと思います。ご両親が自信を持って付けたお名前だと、お子さんは誇れると思いますよ。